2010年5月，東莞保稅物流中心正式開始運作。東莞保稅物流中心位於東莞市沙田鎮西大坦物流園區，是東莞市的核心物流專案、廣東省重點建設工程，總規劃面積1.18平方公里，僅通過“入區即退稅”、解決企業“境外一日遊”問題，每年就可為東莞企業節約成本10億元。東莞保稅物流中心（B型）於2010年5月11日正式封關運作。
一、東莞保稅物流中心現可實現操作的業務形式:
1. 出口入區，出口結關後直接出報關單退稅聯；
2. 報關單退稅聯1周可出單兩次；
3. 一般貿易進口出區，可進行網上付稅；
4. 一般貿易進口出區，百潤捷可代理網上付稅；
5. 可提前報關、報檢、繳納進口稅金，車到驗放；
6. 可進行QP系統上載清單申報;
7. 進出區商品編碼前4位元需一致，貨名可差異申報；
8. 物流中心與其他海關監管區的區間轉關；
9. 物流中心與虎門港碼頭可實施區港聯動，普通車輛運輸，一次申報直接進出境; 10. 一線口岸監管區轉關入區；
11. 物流中心轉關至一線口岸離境；
12. 物流中心直轉香港進出境；
13. 物流中心常溫倉儲、分裝。
二、操作時間事項
1. 提前一天申報；
2. 次日載貨車輛到達後2小時完成驗放；
三、扶持政策（具體執行及調整措施以政府有關部門公佈為准）
1. 東莞政府財政給予進出口經營單位（東莞企業）RMB120.00/報關單號補貼（支付時間：申報日起180天）。
2. 整批進出物流園中心的法商貨物，商檢費實施出口單邊收取，進口免收。
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