当前，中国物流企业发展中的最大问题是还没有形成一种有利于培养做强做大物流企业的环境。中国自己大物流企业很少，“小、散、差”的现象还比较严重，无法满足市场对物流的需求，国际竞争力不强。从国家政策到社会环境都还有一些不适应大物流企业发展的地方。同时新的问题不断出现也打乱了物流快速发展的步伐。
    问题一：我国一些大型国有物流企业在长期的历史发展过程中，逐渐培育出有“中国”二字的知名商标品牌，像中国外运，但商标局根据《商标法》不给予商标注册，但在香港，在国外可以注册“中国”二字的商标。这就造成一旦商标遭受侵犯，却得不到法律保护，造成国有品牌的流失。
    问题二：随着国外物流巨头进入中国市场，对国内物流企业的兼并收购也越演越烈。国家对具有关键性、战略性的物流资源，如港口、船队等没有法律保护措施，很难限制国外物流巨头控制国内物流市场，但我国的大企业到国外搞兼并收购却诸多受到限制。
    问题三：在一些地方物流园区的招商引资中，地方为了自身的利益，在纳税、土地等方面往往给予国外物流企业高于国内物流企业的优惠待遇，这对国内物流企业很不公平，不利于国内物流企业的发展。
    问题四：大的现代物流企业必须实行高度一体化经营，集中签署合同，在全国修建成千上万个操作点，提供仓储管理、销售服务、货物监管等服务，通过网络化运营和规模取得效益。但是，根据目前工商管理部门的规定，各地做业务必须设立独立的法人公司或独立的经营分公司，分公司以下不能设任何机构。这样在一个城市的几个区域有业务，就要设几个分公司或法人公司，在全国有上万个操作点，就要设立上万个分公司或法人公司。既不经济，也不现实。这种规定限制了大企业发展，其结果将导致到处是“小公司”，形成不了大企业集团应有的规模经济效应。
    问题五：按现行营业税税率规定：运输、装卸、搬运这三类企业的营业税税率为3%，仓储、配送、代理这三类企业的营业税税率为5%，各环节税率不统一。现代物流企业是靠为客户提供整体优化物流方案，通过对运输、装卸、仓储配送、代理等服务的整合，为客户节省总的物流成本来获取服务收入。由于目前没有统一的物流产业管理办法和“物流税率”，运输、仓储等各单项业务税率不同，抵扣税费政策也不同，物流企业就要与客户分别签署各项业务合同，分别收费和开具发票，这样做根本不符合物流企业业务的客观实际需要，给全程物流作业带来了障碍，限制了现代物流企业的真正发展。