高风险
    RFID所需的高额费用和技术上的不成熟，使实施RFID仍是高风险的举动。甚至有人认为，如今所谓的RFID应用热潮是一项缺乏投入回报证明的疯狂技术冒进。
    虽然业界对RFID长期的前景仍坚持肯定的态度，但是，Gartner表示，应用这个技术的商业性的基本战略还需要许多年才能成熟。企业开始在经营管理和供应链中有效地使用条形码技术用了20年的时间。RFID技术的普及虽然不会用那样长的时间，但是，企业需要不断地对采用这项技术的战略进行检查，并且要认识到RFID不可能在一个晚上成为主流的技术。
    价格过高
    价格问题也是关于RFID争论的一大焦点。专家认为，要想实施这项技术，就必须把标签的价格从现在的每个45美分降低到每个10美分。价格必须便宜到让更多的公司使用的起，而现在产业正在朝着这个趋势发展。而很多人现在仍在关注这个价格最终将降到多低，什么时候将达到这个最低点。
    标准不统一
    目前，很多RFID解决方案厂商提供的软硬件技术还处于实验室和模拟应用阶段，尚不能适用现实应用的需要。如果企业采用专用技术，所使用的频率、编码、存储规则以及数据内容等都不尽相同，一旦RFID解读器和标签不能通用，企业间就无法顺利进行数据交换和协同工作，只得将RFID技术局限在企业内部。
    正是由于缺乏一套广泛通用的标准，才使得RFID技术一直未能广泛地应用于供应链管理上。当供应链其中一环的数据不能在下一环节再用时，就会使技术开发成本大幅增加。可见，一个详细、统一规范且开放的技术标准是RFID技术发展需要解决的头等大事。
    失业
    市场调研公司YankeeGroup最近公布的研究报告显示，未来三年企业将投资数十亿美元安装库存追踪(inventory-tracking)系统，这将使它们因供应链效率提高而节省成本，但数百万工人却将因此丢掉饭碗。
    YankeeGroup表示，制造商在未来三年将在与射频标识(RFID)相关的硬件、软件和服务方面投入50亿美元。但是，布署RFID，仅在美国一地就可能导致400万个工作岗位消失。
    健康影响
    目前有很多人对RFID遍布未来世界充满担心，因为RFID磁条所使用的800~900MHz已经属于甚高频范围，很多人担心长期生活在RFID磁条包围中会受到高频射线影响，免疫力下降和导致癌症都引发了很多人对RFID的疑问。而且RFID所使用的频率也受到国际电信联合会频率资源的限制。
    隐私问题
    隐私保护团体也对RFID可能造成生产商长期跟踪用户抱有强烈的意见。而一旦使用一次性自毁RFID，顾客又很有可能在召回和折扣返款等服务上无法参与。