新疆民航工会协作联合会是在辖区内各民航单位共同呼吁下成立的。近年来，管理局工会履行民航新疆地区产业工会职能，得到了各单位大力支持，成功组织了一系列地区行业职工活动。2007年元旦文艺晚会举办成功以后，各单位工会主席提议组建新疆民航工会协作联合会，构建具有新疆民航特色的行业职工活动组织机制，更好的发挥各单位工会作用。
新疆民航工会协作联合会由民航新疆管理局工会牵头，各单位工会自愿参加。协会的职责是围绕行业中心、服务行业大局，积极协调各成员单位工会，组织、开展行业职工活动，团结、动员广大职工为新疆民航又好又快发展建功立业。
协会实行民主集中制，协会主席由成员单位工会主席轮流担任。协会设名誉主席1名，轮值主席1名。每年5月下旬召开年度会议，总结协会年度工作，审议来年协会重大活动的意见和建议。
协会名誉主席由民航新疆管理局领导担任，负责召集协会年度会议，提出来年行业职工重大活动意见并主持审议。轮值主席由各企、事业单位工会主席轮流担任，负责召集、主持协会工作会议或者会员单位工会负责人会议，部署、检查、督促、落实、总结协会年度工作。轮值主席任期1年，在任期内组织2次行业职工活动。
协会成立仪式上，南航股份新疆分公司、新疆机场集团公司、民航新疆空管局、海航新疆公司、中航油新疆公司、新疆通用航空公司、新疆民航物业公司、航食公司等单位工会负责人相继签字，成为协会会员。
