长江口内颇具规模的港口有上海港及江苏沿江苏州、南京、南通、镇江、江阴、常州、泰州、扬州8个港口，拥有万吨级以上泊位约340个，目前沿江主要港口及大部分电厂专用泊位均可靠泊灵便型散货船及巴拿马型船，其中上海和南通港拥有可停泊10万吨级船舶的泊位。而上海五号沟港区正着手建能兼顾靠泊15万吨级集装箱船的泊位，苏州太仓港区正着手建15万吨级矿石中转码头，并规划发展成为上海国际航运中心集装箱干线港。随着水深-12.5米航道延伸到南京的目标实现，沿江5万吨级以上泊位将会迅速发展。 
　　我国船舶工业迅速发展，至2006年造船总量达1450余万载重吨，居世界第三位。长江三角洲地区是我国现代造船工业的发源地，占我国船舶工业的半壁江山。中国船舶工业集团总公司的五大船厂中有4家（江南、沪东中华、外高桥和上海）集中在上海，2006年完工量近550万载重吨，颇具规模；江苏沿江聚集了七大船厂中远川崎、新时代、扬子江等，2006年完工量达300余万载重吨，合计850余万载重吨，占全国造船总量的60%，其中有30万吨级VLCC、好望角型散货船、超巴拿马型集装箱船、海上钻井平台和储油船等大型船舶，正在建造，另14.6万m3大型LNG船、20万吨以上的矿石专用船，以及全球最大的圆形海洋钻井平台等超大型船舶也在着手建造。此外，还包括振华港机厂大型集装箱装卸桥的整机装运船舶，这些都将是以后通过长江口深水航道的新增船型。
　　长江口深水航道建成后，总长92.2公里，D12灯浮至D50灯浮航道底宽350米，设标宽度500米，D1灯浮至D12灯浮航道底宽400米，设标宽度550米。深水航道底宽维护水深为理论最低潮面以下12.5米。
　　由于航道进一步增深，结合各货类的运营组织特点，预测进出长江口的散货船将以灵便型和巴拿马型散货船为主，而装载铁矿石的好望角型船和20万吨级超大型矿砂船将进一步增加；由于甬沪宁原油管道的运营，进出长江口的油船不会很大，将以灵便型船和巴拿马型油船为主；集装箱船仍因其网络运输的需要以10000TEU以内的超巴拿马型集装箱船为远洋干线的主力船型，即以3000TEU~8000TEU型集装箱船为主，近洋航线以1000TEU~2000TEU集装箱船为主，内贸航线以500TEU~1500TEU集装箱船为主。其他货船以3万吨级以下船舶为主。
　　12.5米航道开通后，5万吨级（载箱量4000TEU左右）集装箱船、灵便型散货船、2万吨级油船和3万吨级杂货船均无需乘潮即可全天候进出深水航道；7万吨级（载箱量5500TEU左右）集装箱船、3万吨级油船和4万吨级杂货船需乘1.5米潮；10万吨级（载箱量8000TEU左右）集装箱船、大灵便型散货船、5万吨级油船需乘2米潮；12万吨级（载箱量9000TEU左右）集装箱船、巴拿马型散货船和油船需乘2.5米潮。由于集装箱运营组织的需要，每次进出航道的船舶不会满载，大部分航次的船舶营运吃水小于设计吃水，故集装箱船的乘潮水位相对低些。
　　由于长江口深水航道的建设，航槽稳定、航道水深加深、航宽加大，使进出长江口的船舶流量大幅增加，航速提高，船型不断变大，将促进上海国际航运中心的形成，为长三角地区经济的发展起到巨大的推动作用。随着三期工程建设的推进，航道水深将增深至12.5米，届时5万吨级集装箱船和灵便型的散货船、油船、杂货船均无需乘潮即全天候进出深水航道，而巴拿马型、好望角型船等通过减载、乘潮进出航道，进出长江口深水航道的船舶进一步增加、增大。长江口深水航道工程将发挥更大的作用。