设班轮总部基地园区
土地规划方面，深圳市将规划建设“国际集装箱班轮公司总部基地园区”，吸引国际班轮公司地区性总部或操作中心落户深圳，重点引进世界前30名公司地区性总部进驻。同时，政府将严格控制邻近港区和规划港区的后方土地用途，不能用于商业性房地产开发，并预留港区口岸单位办公设施、查验场地等用地。另一方面，当局在东西港区外规划建设船公司后勤基地和集装箱拖车公共停放场，并在龙岗、宝安、南山和盐田规划港口后勤配套产业发展区域。
规定年增三个集箱泊位
工程建设方面，《意见》提出三大目标。一是要加快盐田三期扩建工程、蛇口三期、大铲湾一期工程的建设，尽快启动大铲湾港区二期工程、盐田西港区、盐田东港区后续工程的建设，以确保今后5年每年有3个以上的集装箱泊位建成投产。二是重点建设西部港区航道工程、深水锚地工程以及深圳港口水上支持保障系统，以确保铜鼓航道一期工程建设在今年上半年竣工，并尽快启动铜鼓航道二期工程和西部公共航道、锚地的建设工程。三是加快港口道路集疏运系统建设，以提高深圳港与周边货源腹地的陆路联通能力。政府将尽快在港区后方陆域内规划、建设集装箱拖车停放、维修和后勤服务基地，以及在东西港区疏港道路沿线，规划、建设相应的集装箱拖车加油设施。
建海运通关联席会议制
通关政策方面，深圳市政府将建立海运通关联席会议制度。每季度定期召开联席会议，制定措施及解决海运通关中的问题。在改善港口口岸通关环境上，政府将整合现有口岸单位的用地资源，实行集中式查验，在东西港区建设集中办公、办文的口岸大楼设施。与此同时，当局亦会继续深化海运通关、客户协调员制度、风险式分类通关监管制度等改革，对信誉良好的物流企业及厂商等实行“绿色通道”通关政策。
搞中转服务给予奖励
《意见》还制定一系列鼓励性措施。对进驻深圳的国际集装箱班轮公司地区总部或操作中心，政府将给予一次性搬迁费用资助及办公用楼优惠租金。同时，政府亦鼓励国际大型跨国配送中心和货代公司华南地区总部落户深圳，不但对重点物流项目提供相应的优惠政策，更可获得一次性搬迁费用资助。另一方面，政府将根据贡献程度，对在深圳港新开辟航线或内支线的船公司及驳船公司，以及从水路到深圳港中转的集装箱重箱企业及参与海铁联运业务的企业，给予相应奖励。
