2006年南京油运加快推进结构调整和战略转型，积极实施扩张性经营和，加强对国内外大客户的揽货经营力度，在巩固原有客户的基础上，逐步发展了EXXON、CHEVRON、TASERO等新客户，并承诺优先承运中联油所有进出口成品油。此外，南京油运与国内船厂签订了大批新船建造合同，提前4年全部落实了“十一五”运力发展计划。