双方议定，海关缉私部门在受理走私野生动物案件时，第一时间通知满洲里检验检疫局进行检疫消毒卫生处理，案件办结后，由两部门共同对涉案货物、物品进行销毁处理。
满洲里关检合作由来已久，在加强打击走私和防止逃漏检方面合作密切，在此过程中，满洲里海关开全国海关之先河，做出诸多关键性的尝试，收效显著。一方面，在中俄公路口岸实现了与满洲里国家出入境检验检疫局X光机检测图像的“一机双屏”。 此项措施有效改变了检验检疫部门对旅检渠道行李物品实行随机抽查、人工翻包查验的落后监管模式，降低了检疫检验部门劳动强度，提高了监管效率。另一方面，在中蒙阿日哈沙特口岸，与国家出入境检验检疫局实行“一衡两用”，两部门共同利用海关电子地秤系统，实现了口岸监管资源、通关信息共享。该项措施解决了国家出入境检验检疫局对车辆重复检斤造成的企业费用增加，口岸车辆积压、阻塞等问题。
除此之外，满洲里海关还将广泛合作的理念扩大到多个领域，除积极建立与出入境检验检疫机构的合作机制外，该关还积极探索与边防检查、口岸办等部门之间有效的合作方式，完善合作机制、扩大合作内容、落实组织保证，以提高通关效率为出发点，不断优化口岸和地方经济发展环境。
