随着内地进出口贸易快速发展，航运市场需求旺盛，需要大量的船舶运力提供运输服务和国际化的物流服务，这为香港的船舶运输经营者和物流经营者提供了良好的市场发展机遇。2004年1月1日，CEPA正式实施为内地与香港航运业发展带来了新机遇。

截至2006年年底，内地航运主管部门依据CEPA办理了120多项申请，使海运服务的各项承诺得以顺利落实，多数企业已进入实质性经营阶段，并取得可观的经济效益。根据CEPA的规定，香港企业在内地办事处的母公司只要符合条件，便可转变为独资公司。香港船东通过在内地设立的独资船舶管理公司，可为本公司经营的船舶配备内地船员，这既有利于内地船员外派，又可为香港船东降低成本。