日前，国家交通部发文对厦门港跨行政区划对厦门湾港口资源进行整合实行一体化管理予以确认。文件还确认由厦门港口管理局依据 《港口法》的规定，履行东渡、海沧、嵩屿、刘五店、客运、招银、后石、石码等8个港区的港口行政管职能。
    2006年1月1日，根据福建省政府决定，厦门湾内厦门市所辖的港区与漳州市所辖的后石、石码、招银三个港区合并组成新的厦门港，成立厦门港口管理局，作为全厦门湾港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门。
    由于跨行政区划整合港口在全国尚属首例，一体化管理不可避免的存在一些问题。货物单证不统一一直困扰招银、后石、石码港区。由于厦门港一体化管理未得到国家交通部确认，三个港区身份无法变更。招银港区招商局漳州码头公司的货物进出口单证的目的港或始发港口岸名称至今仍然是 “漳州港”，颇让船方、货主费解，也为进出三港区的船舶带来不便。此外，一湾两港也带来了重复签证和重复收费弊端，增加船舶在港滞留时间和船方营运成本。此次交通部下文确认，为统一厦门港进出口货物单证、降低船公司运营成本，提高厦门港综合竞争能力创造了有利条件。
    厦门湾港口实施一体化管理一年多来，厦门港口管理局在资源正源整合的基础上，修编了 《厦门港总体规划》，抓住机遇，加大港口基础设施建设投资，全港深水航道建设和深水泊位的“两深工程”顺利推进，南岸港区的生产环境得到明显改善。
    目前，石码港区和招银港区航道相继完成了增深拓宽改造，招银港区7号泊位于去年建成投产。石码港区角美作业区的码头建设已于上半年启动。此外，进出招银、后石港区的船舶实行24小时全天候引航。这一连串的措施有效的刺激了南岸港区的快速发展。