作为条形码技术的替代者，RFID标签是一项全新的技术，有着广阔的市场前景，但由于技术的不成熟，以及诸多因素的制约，普及与推广需要假以时日。目前，在包括药品行业在内的应用领域全面推广RFID单品识别技术之前还需要克服以下困难和障碍: 

标准未统一 
标准（特别是关于数据格式定义的标准）的不统一是制约RFID发展的首要因素。因为每个RFID标签中都有一个惟一的识别码，如果它的数据格式有很多种且互不兼容，那么使用不同标准的RFID产品就不能通用，这对经济全球化下的物品流通是十分不利的。而数据格式的标准这个问题涉及到各个国家自身的利益和安全。目前的现状是日本和美国的两大标准组织互不兼容的对抗局面，而中国也开始制定自己的RFID标准，预计其他的许多国家也会陆续开始制定自己的标准。 
如何让这些标准相互兼容，让一个RFID产品能顺利地在世界范围中流通，是当前重要而急切需要解决的问题。 
关于标准的另一个问题是，目前还没有正式的关于RFID产品（包括各个频段）的国际标准，目前各个厂家推出RFID产品互不兼容，造成了RFID产品在不同市场和应用上的混乱和不兼容。这势必对未来的RFID产品互通和发展形成了障碍。目前中国电子标签国家标准工作组正在考虑制定中国的RFID标准，包括RFID技术本身的标准，如芯片、天线、频率等方面，以及RFID的各种应用标准，RFID在物流、身份识别、交通收费等各领域的应用标准。 

技术不成熟 
RFID是一项正在兴起的技术，不少用户认为该技术将完全替代条形码。但是，如何将这项昂贵的、崭露头角的专有技术转化为有利的供应链工具是目前最大的挑战。 
RFID库存跟踪系统是一个供应链群体的项目。为使这项技术能够顺利运用，一个公司的整体供应链必须全部参与。目前国内很多厂商都将注意力放在RFID芯片技术上，而对RFID的后端应用软件以及对电子标签在流通中的管理关注还比较少。对于使用RFID技术的企业而言，如何有效处理应用RFID技术带来的巨大数据来降低成本，提高生产效率是至关紧要的问题。因为企业还需要一个数据管理平台，它包括后端数据库，应用程序以及正确的分析能力来处理由RFID系统生成的大量数据。否则，企业可能会被大量的数据淹没而得不到RFID技术带来的好处。 
目前，国外许多大应用系统开发商如Sun、SAP、Oracle、IBM等公司已经看到这个问题或商机，纷纷开始在其产品中集成RFID技术以满足未来这方面的巨大需求。 
涉及到医药领域，这个领域对频率和性能有独特的要求，因而在以下问题上还存在不一致的观点:在药品供应链中存在选择同频还是异频的不同意见;是在托盘和货箱上使用超高频RFID技术还是在药品单品上使用UHF的争论。在性能上，读取范围、准确率、工作模式、读取器与标签间的通信、系统的协同工作能力、RF干扰、读写器和天线阵列的配置和选址等等是否需要进行适应性改动也存在不定性。 

成本问题 
标准和技术本身是影响RFID应用普及的两个重要方面，但随着各个相关组织与企业的协调，标准的解决并不是一件难事，技术也会越来越成熟。不过，RFID的价值或投资回报依然是政府、企业CIO踌躇不前的关键。 
RFID的成本问题包括标签价格和系统基础设施建设成本两个方面: 
·标签价格 
目前，每个传统条形码的价格约为0.25美分，而一个RFID标签的价格大约是30～40美分，是条形码价格的100多倍，巨大的成本差距严重地阻碍了RFID技术的普及。 
为了降低RFID标签的价格，使供应商接受RFID技术，实现RFID的普及应用，飞利浦和德州仪器联手推进Gen2 RFID的研发。Gen2技术可以大幅提升标签的性能，并降低标签价格70%以上，使标签低于10美分变成了现实。与此同时，意法半导体公司，通过降低晶片打磨、切割及天线封装与测试成本，简化芯片架构，缩减用户闲置功能，改进的天线嵌入基材更小的封装，推出价格低廉的下一代UHF芯片，实现5 美分标签的目标。 
据业内人士预计，当全球的RFID标签需求量超过50亿片后，成本将会随着规模的扩大进一步地降低到2美分左右。未来10年里，RFID标签将逐步替代现有条形码。 
·系统基础设施建设成本 
一般而言，企业的信息化有四个阶段。第一阶段主要是网络基础设施的搭建;第二阶段是企业内部信息化，如MRP、ERP的实施;第三阶段是扩展到企业外部供应链管理，实现供应链上的企业间B2B交易;第四阶段是构建全球协同电子商务数据平台。目前我国企业大部分还都处在第二个阶段的水平，而RFID发挥其最大投资回报，则需要企业对产品的信息由闭环应用延伸到开环应用，RFID将在第三阶段信息化进程中扮演重要角色，并为第四阶段平台构建出标准化的自动识别基础设施环境。 
在零售、物流等行业，有实力的大型企业在部署RFID上积极性比较高，比如沃尔玛年销售额接近3000亿美元，宝洁为500多亿美元，按物流费用以占销售收入的平均水平1 /10计算，每年有几十亿至几百亿美元的规模，所以像沃尔玛花30亿美元的投入来部署RFID以升级其供应链是可以理解的。对于医药、医疗行业，专家认为，以下这些因素使RFID的应用潜力巨大: 
◇高价值产品使得更容易对投资进行评价; 
◇消费数量巨大，易于产生规模经济效应; 
◇符合性驱动形成一种技术的紧迫性，推动技术的应用; 
◇与其它高价值、高数量、符合性驱动行业紧密相连，更容易达成标准化和采用现成技术。 
显然，这意味着，医药行业应用RFID的成本阻力将会小许多。 

隐私与安全 
RFID的大规模应用还涉及到隐私保护以及安全问题。目前的RFID技术要想在对信息有保密要求的领域展开应用还存在着障碍，如何在不增加太多成本的同时提高电子标签的安全性还是一个有待进一步研究的问题。 
RFID系统中的隐私侵害使终端用户对安全忧心忡忡。在美国FDA通过了在人体内植入芯片的决议后这个问题似乎更加敏感。生产商们将不得不忙于拿出解决办法来，因为同样的问题会阻碍他们早日应用这项技术。 
最近，RFID卡在私人领域的应用就在美过遭到禁止。事情的起因是，加州萨特的一所小学要求该校的学生佩戴带有RFID辅助信息的校徽，该校的学生家长请求学样取消这项要求。该校接受了学生家长的请求，但是此次争论引起了加州上院议员对这一问题的关注。由此，美国加州上院通过了一项议案，将把RFID技术在驾驶执照和学校ID卡中的应用延期三年实施。 
该议案将禁止加州机动车当局发放采用RFID来传输个人信息的驾驶执照;同时还将禁止公立学校、公立学区和国家教育机构采用RFID来跟踪、监视和记录学生的校园活动。这项提案只是解决有关使用RFID和隐私问题的大量一揽子提案中的一个部分。 
该议案在一份预先准备的声明中表示，“RFID技术本身并不是问题，RFID是一个小小的奇迹，有各种各样不错的应用。问题是政府是否应该，以及在什么情况下，强迫它的居民（成年人或孩子）接受这种会把他们的大多数个人信息泄露出去的技术。” 
另外，该议案认为，隐私是加州宪法规定的一项无可争议的权利，为此，政府就有责任对它进行保护。所以，要禁止任何人要求、强制或迫使其它任何人接受身份识别器件的植入，除非是自愿行为。 
我国正在通过建立和完善国家药品编码系统并对其进行统一规范来逐步加强对药品的监管。药品条码在药品编码的基础上实行一物一码。国家药品监督局成立了国家编码小组、编码办公室以及专家委员会。国家药品编码办公室首先完成了编码的定义、原则、范围、编制规则、药品的分类，同时又制定了各项标准。 
首先是药品代码，其定义是"识别每一药品身份的唯一标识，是国务院食品药品监督管理部门用于管理药品生产、流通、使用全过程的代码。"即对每个药品发放一张身份证。 
其次是药品代码扩展码，根据GMP、GSP对生产和流通强制性的管理要求，对药品的生产日期、有效期、批准文号等等都做了规范。 
再次是药品分类代码（药品基础码），其主要体现的是药品属性，是依据药学、医学的专业性质与规则，制定科学、规范、统一的药品分类标准，来满足医药管理、生产、流通、使用、科研等方面的分类、查询、检索、统计、分析等方面的需求。 
最后就是药品防伪码，它综合运用密码学原理和计算机技术使最小包装的销售药品都能实施防伪。药品的代码、扩展码、分类代码和防伪码这四种编码共同使用，即"四码合一"。它们相辅相成，形成了国家药品编码系统。