一 清单预录入 　　"清单预录入"包括三个部分：出口清单录入，进口清单录入，清单查询。
　　加工贸易企业在脱机版中录入清单数据，并可对清单状态进行查询。
　　企业在录入清单之前，必须在联机版"数据交换"模块中的"手册下载"，下载本企业的手册、帐册数据到本地。录入完成的清单保存在本地数据库中，待申报。
　　加工贸易企业在"清单查询"模块中，可以对所有自己录入的、已申报或未申报的清单进行查询。
　　二 平文件导入
　　部分联网加工贸易企业已有成熟的录入系统，为满足双方需求，系统另设置了一个平文件作为双方数据交换的中介。
　　联网企业将录入已有系统的数据按照既定格式导出到平文件中，然后在公路口岸预录入界面点击"导入"，就将这些数据导入到电子口岸的"清单预录入"系统中。双方以此完成了数据交换，而免去了两次的录入。
　　三 数据交换
　　数据申报包括：手册下载、清单申报。
　　手册下载提供给加工贸易企业下载手册、帐册数据的功能。
　　加工贸易企业完成清单录入后，登录电子口岸，在线申报清单数据。
　　电子口岸对数据进行逻辑校验通过后，发送到海关进行二次校验，海关校验通过后，即发送审结回执给加工贸易企业。此时，企业才可以进行下一步的货运委托的操作。
　　四 货运委托
　　货运委托提供了加工贸易企业将清单委托给运输公司的功能。
　　加工贸易企业申报的清单经海关审结通过后，进入到"货运委托"进行货运的委托。界面列表显示所有海关已审结而未委托的清单。加工贸易企业选择要委托的清单，并指定运输公司（经海关备案），执行申报。
　　货运委托申报到电子口岸，口岸逻辑检查无误通过，即完成"货运委托"的申报。此过程海关并不参与校验。
　　五 取消委托
　　加工贸易企业可以对已经施行了委托但运输公司尚未进行承运确认的清单进行"取消委托"的操作。
　　加工企业凭卡进入到"取消委托"界面，系统自动读取卡的相关数据，并列表显?"已经委托给运输公司、但运输公司尚未对确认关系予以申报"的清单。企业选择要取消委托的清单，执行"取消委托"命令，即完成操作。
　　"取消委托"同样只报电子口岸通过，海关并不参与。
　　六 承运确认
　　运输公司通过"承运确认"来确认与加工贸易企业的承运关系，关系的最终有效成立需要得到海关的审结。
　　当运输公司凭卡登录到电子口岸公路口岸系统，进入到"承运确认"后，系统自动识别IC卡信息，并列表显示所有委托给该运输企业的清单。运输企业参考清单安排指定车辆，并申报至海关，海关审结后，就确定了清单与运输工具的承运关系。
　　该承运关系有效期为5天。5天内，运输工具到达海关现场，系统通过电子车牌读取运输工具及其捆绑的清单信息，通过则自动放行。超过有效期，则此承运关系自动解除。
　　七 解除捆绑
　　除系统自动解除捆绑关系外，在特殊情况下，承运人也可自主要求解除捆绑关系。"解除捆绑"就提供给承运人这样的功能。
　　承运人要解除海关已审结的捆绑关系，必须在"解除捆绑"中发出请求，报海关审核。
　　八 回执查询
　　回执查询分别提供给加工企业查询清单状态、运输企业查询运输工具状态的功能。
　　企业可按状态查询，也可按清单号、运输工具编号进行查询。
　　通过查询，企业可以得知清单或运输工具的最新状态，以便继续下一步的工作。