一是物流系统效率低下，物流成本居高不下。目前我国每万元GDP产生的运输量为49720吨公里，而美国和日本的这一指标分别为870吨公里和700吨公里。 　　物流系统运转效率，主要反映在货物在途时间、储存时间、基础设施劳动生产率等三个方面。在我国，公路货车的运营速度不足50公里，营运汽车的单车年工作量仅为3万吨公里左右，空驶率多年来保持在50%左右，而美国一辆货车的工作量等于我国20辆车的工作量；我国原材料、半成品及产成品的在库周转时间平均在3到6个月左右。
　　调研显示，我国许多商品总成本中，物流费用已占到20-40%，每年因包装造成的损失约150亿元，因装卸、运输造成的损失约500亿元，保管不善造成的损失在30亿元上下，物流成本居高不下。
　　二是物流基础设施不匹配，物流技术装备水平低。在条块分割、多头管理的传统模式影响下，我国各种物流基础设施的规划和建设缺乏必要的协调，因而配套性、兼容性差，导致系统功能不强。
　　我国物流系统一般技术水平低，装备落后。在仓储设施方面，第三方物流企业拥有的仓库70%是普通平房仓库，现代化立体自动化仓储设施比例较低，具有冷藏、保鲜、气调的仓库更少。在使用的搬运工具中，人工搬运车、手推叉车和普通起重设备占到70%以上，而可视屏叉车等现代化的搬运工具却很少采用。第三方物流企业拥有的运输车辆中，普通车辆占到70%以上，现代化的箱式货柜和集装箱拖头及特种运输车辆却很少。
　　三是标准化建设滞后。物流是跨地区、跨行业的运作系统，标准化程度的高低不仅关系到各种物流功能、要素之间的有效衔接和协调发展，也在很大程度上影响着物流效率的提高。物流器具标准不配套，托盘标准化没有推行，严重影响了物流的效率。
　　四是我国物流业管理体制和机制方面存在障碍。物流产业的发展涉及到基础设施、物流技术设备、产业政策、投资融资、税收与运输标准等各个方面，分属不同的政府职能部门管理，各职能部门对现代物流认识不足和缺乏统一协调的战略思想，成为物流产业发展的主要瓶颈之一。