为两岸大三通，福州保税区规划在其辖内筹建“两马三通”物流中心，以期突破目前对台小额贸易局部、单向的局限，实现两岸货物双向直航，并实现大陆货物通过保税区进入马祖及台湾本岛市场。据介绍，所谓的“两马三通”是指两岸货运经由台湾到马祖，通过马祖与马尾海运直航运抵马尾港，再通过福州保税区集散分拨到大陆市场的双向流通的物流方式。“两马三通”物流中心将实现台湾─马祖─马尾保税区─大陆的双向货物直航，从而改变目前“两马小三通”的局部、单向等多重限制，为两岸货物提供路线最短、成本最低、时间最快的物流服务。