据中国海关互联网网站报道，12月15日是两岸直航的第一天，各地海关纷纷采取措施确保直航通关顺畅： 
    福州海关隶属马尾海关为了确保首航的顺利进行：一是实行专人专岗，由多名资深关员组成工作小组，为直航货物提供高效便捷的通关服务；二是采取“提前申报、货到验放”的便捷通关模式，企业可以提前三天就向海关进行申报；三是设立便捷通道和咨询台，引导企业和报关人员快速办理通关手续；四是随时与港区、台办等部门保持联系，掌握第一手的船舶动态，确保口岸安全畅通；制定专门的通关预案，准备好应对各种突发情况。  
    广州海关隶属白云机场海关采取了多项服务措施做好货运包机工作：一是主动加强与省市台办、两岸航空公司、地面代理及口岸联检单位的联系，了解航班计划安排；二是约请执飞航空公司召开联席会议，对海关货物通关政策进行宣传，主动询问企业在货运包机开通工作上的业务需求；三是对包机装载货物采取专人负责、专窗办理的办法，实行机边监管、优先办理结关手续等便利通关措施；四是要求业务现场对实际运作过程中碰到的问题及时反馈、及时研究解决。