一、目前“物流企业”税收政策执行情况
根据国税发[2004]88号《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》的要求，区分收入性质分别核算，对提供运输劳务取得的运输收入开具货物运输业发票并按“交通运输业”税目缴纳营业税;对提供其他劳务取得的收入开具服务业发票并按“服务业”税目缴纳营业税;对不按规定分别核算其应税收入的，一律按“服务业”税目缴纳营业税。这样，以自开票运输为主的物流企业在税收政策上营业税按照税率3%执行。而有些企业因自备运输工具的产权问题上存在某些问题，而没有达到自开票纳税人标准，行业认定为运输代理业，营业税率按照5%执行。由此，我们可以看到，同为“物流企业”，却因自身条件的不一，某些条件限制，在税收政策的执行上也是不尽相同的，同一行业执行税率不同，税赋不公平现象由此产生。
二、现代物流企业税收政策现状分析
由于物流业经营范围综合了以前的几个传统行业，税收政策的不明确性和不可操作性导致多环节重复征税现象，成为制约着物流行业发展的瓶颈。为此，为促进现代物流业的发展，解决物流企业反映的税收问题，增强物流企业的竞争力，国家税务总局下发了《关于试点物流企业有关税收政策问题的通知》(国税发[2005]208号)，规定从2006年1月1日起，对全国37家试点物流企业营业税税收政策作了调整，经认定具有自开票纳税人的试点物流企业将收入按交通运输业务和仓储业务分别核算，然后按差额进行征税处理。对这些企业来说是一个利好消息，但是却导致了同一行业之间税收政策的不公平，制约中、小物流企业的发展。而且对试点物流企业出台的税收政策仍存在着一定的局限性和弊病。
(一)物流企业的收入同时包括运输、仓储和其他收入三块内容。取得的收入如果分别核算，虽然解决了重复征税问题，但不能将收入一起开具一种发票收取价款，造成一次业务多种票开具;如若不分开结算，就不能享受政策规定的税收优惠，存在重复征税的情况。这对既有运输业务，又有仓储业务和其他业务的企业来说，其经营活动会受到很大影响。
(二)这一规定同时也为物流企业和接受物流企业劳务的纳税人留下了税收筹划的空间。因为物流企业既提供运输业务又提供仓储业务的一项劳务，就可以在合理的范围内，扩大运输业务收入，减小仓储业务收入，这样不仅使转换运输的仓储收入减少了2%的税率，也增加了接受发票单位的运费增值税进项抵扣数额。
三、针对以上情况，谈谈税收管理上的几点看法：
(一)现代物流业提供的是集运输、仓储、装卸、加工、整理、配送、信息等为一体的多功能综合服务，所以运输工具和储藏设施是现代物流企业所必备的基本经营工具。税务部门在实际工作中应准确理解物流企业的定义，不要因企业名称中有“物流”二字，就简单认定是物流企业，同时一些没有以物流命名的企业也有可能是真正的物流企业。
(二)让物流企业真正享受该享受的税收政策。尽快出台物流企业普遍能享受的税收政策、新增物流企业专用发票。“物流企业”转变或者发展为真正的现代物流企业时，能让所有物流企业充分享有物流企业的税收政策，给物流企业一个公平竞争的税收环境。
(三)税务机关严格按照《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》的有关规定，把好自开票企业认定、年审关，做好发票管理、税款征收、数据传递、数据比对等的日常税收征管工作。为创造一个公平税收环境提供好的基础。