港珠澳大桥融资方案的最终敲定，与深圳不相连接，这种“无关”让深圳的物流业感到些许紧张与压力。  
　　大桥修通后，香港和珠江西岸从此可以直接连接，货物运输可以绕开深圳而直通香港。将不再是香港与内地相连的唯一通道，深圳对此早有心理准备，其物流业正在拓展新的空间。 
　　珠三角物流格局 
　　“因桥而变” 
　　融资方案刚出炉，即有学者提出，香港主导推动港珠澳大桥项目，可能有对深圳港口和物流行业分流其业务的担忧，欲避免自身物流业被削弱的一种积极反应。 
　　从近几年深圳物流业的发展来看，深圳的港口对香港物流业的冲击日益加剧。依靠低廉的货运成本和连通内陆的优势，深圳港口不断从被称为世界货运中心的香港分流码头业务。尤其值得一提的是，深圳盐田港被国务院批准为“区港联动”的试点之一，建立了盐田港保税物流园区。盐田港保税物流园区启动以来，每年以50％的速度增长，已稳居世界第四大集装箱港，进而蚕食了香港的货柜吞吐量，造成香港货柜吞吐量连续两年下降为世界第二位。 
　　力推港珠澳大桥，香港依靠打通珠江西岸通道，保持自己在物流业的核心地位。 
　　目前物流通道是，从珠海、佛山、中山发出的集装箱必须要先运到广州，然后转到东莞、深圳，再到香港，途中必须经过三个运输环节才能出口。仅一个集装箱的运费就比深圳和东莞贵2000元港币，虎门大桥修成后，依然贵1000元港币左右。而且耗费时间较长，兜这样一个圈需要六七个小时。 
　　而港珠澳大桥修通之后，香港驱车到珠海只需45分钟，比绕道广州虎门大桥要减少3个多小时。来自珠江西岸和西南省份的货物可以不必经过深圳而直达香港，从而使深圳港口货物吸纳能力面临影响，进而对深圳设想的“海铁联运”计划产生冲击。 
　　深圳 
　　拓展物流发展新空间 
　　为消解港珠澳大桥对深圳物流业的分流，深圳曾经积极努力希望能够加入港珠澳大桥项目，即“双Y”设计方案：一桥联通四地，西接珠海与澳门，东接深圳与香港，通过该方案将深圳纳入打通珠江东西的交通网络之中。 
　　早在2004年，李鸿忠在任深圳市代市长时曾对港珠澳大桥建设方案作出回应，认为大桥假如经过深圳，深港两地均可受惠。这种判断源于对深港两地物流业发展层次的区别认识，由于珠三角地区拥有不同层次的加工制造业，香港的集装箱码头主要承担管理、信息、财务等功能，将深圳纳入连通粤西的通道中，可以为香港在物流业上提供中低层次加工业物流服务的补充。 
　　待大桥最终敲定“单Y”方案，不与深圳相连后，深圳学界已开始对其可能产生的影响产生担忧。多位深圳学者指出，港珠澳大桥的兴建，将大大削弱深圳港口的货物吸纳能力，作为深圳四大支柱产业之一的物流业会受到冲击。 
　　为应对港珠澳大桥可能带来的物流业新格局，深圳开始主动拓展物流业新的空间，一方面积极主导兴建深中大桥，即深圳至中山的大桥，另一方面建设大型物流园区。根据《深圳市现代物流业“十一五”发展规划》，从2006年开始到2010年，深圳将把1030亿元投向物流业，用于包括前海、盐田港、大铲湾码头在内的七大物流园区建设，到2010年，使得物流业占全市GDP比重达到12%。 
　　尤其是被誉为“再造一个深圳港”的大铲湾物流园区项目，计划新增物流总操作能力180万吨/年。大铲湾码头将建设15个以上的集装箱泊位，所有泊位建成后，预计可新增集装箱吞吐能力700万标准箱，最终设计能力将达到1000万标准箱，相当于深圳港现有的吞吐能力。 
　　从最初寄望的“双Y”方案，到深中大桥的提出和多个物流园的建设，深圳在积极应对自己在区域格局变化中遇到的新挑战和新机遇。深港研究学者认为，深港双方都清楚而客观地认识到港珠澳大桥对各自物流业的重大意义，但这并不影响双方在这种挑战与竞争中寻找合作发展的良机。