汶川特大地震发生后，重庆市港航局迅速启动水路运输组织应急预案，并及时与三峡通航管理局和湖北省港航局进行了协调，以保证运输救灾物资船舶优先通过三峡船闸，运输救灾物资车辆优先上滚装船。 
        从5月13日至20日，重庆市港航局已组织协调5艘次船舶、11800吨柴油优先通过三峡船闸，434辆运输救灾物资的车辆优先上滚装船，并免收滚装车辆运费及各项规费78万余元，确保了将油品、疾控车、救护车、电信工程车、药品、食品运输车等物资和车辆尽快中转至四川灾区。 
        重庆市郭家沱滚装码头在确保抗震救灾物资水上“绿色通道”畅通的同时，做到抗震救灾物资车辆优先装卸，确保其安全及时到达灾区。港航部门免收滚装码头抗震救灾物资车辆货港费，提倡滚装公司优惠运输抗震救灾物资车辆。 
        重庆市港航局还号召全市水运行业企业和广大干部职工为灾区积极捐款，据不完全统计，截至5月20日，全市水运行业捐款已超过500万元。