台湾基隆港务局为落实香港、澳门籍船舶进出基隆港（含苏澳港、台北港）及在港口停泊期间悬旗方式，特订定基隆港务局处理香港、澳门籍船舶进出港悬旗作业程序。  　　该局是依据“香港澳门关系条例第24条及”交通部1997年6月30日交航86字第004953号函“台港海运商谈纪要”，通告各轮船商业同业公会、船务代理商业同业公会，转知各营运人、运送人及船长，香港、澳门籍船舶应遵守前项规定。 
　　香港、澳门籍船舶自进港至出港期间，在船艉旗杆，只悬挂特别行政区区旗；在船舶主桅杆，暂不悬挂旗；该期间还可悬挂各自的公司旗和信号旗，引水人于登轮引领时，发现有船舶未依规定悬旗者，应要求船长改善后始予以引领进港，并通知船舶交通管制台（VTC塔台）转航政组（港航课）。 
　　船舶交通管制台（VTC塔台）发现有船舶未依规定悬旗者，应要求船长改善后始同意进港，并通知航政组（港航课），船舶停泊期间，现场作业单位有发现未依规定悬旗者，应即要求船长改善，并通知航政组（港航课），航政组（港航课）接获相关单位通知后，必要时得请求港务警察局会同协助处理。