尽管面临着最好的历史契机，北部湾地区的港口仍然面临一系列难题。最关键的待解难题是铁路。目前，南宁铁路局下辖线路已基本饱和。如果不发展复线，即使北部湾建成亿吨大港，货物也很难拉出去。同时，铁路的管理也阻碍了发展。同在北部湾，广东湛江港的疏运铁路都在南宁铁路局辖区内，但广西的防城港港、钦州港、北海港却在沿海各有一段地方铁路。自治区政府曾考虑将地方铁路纳入国有，但因对资产、人员的去向存在分歧，一时难以操作。
　　公路收费也是一道难题。西南大通道早就有了，为什么云贵的货车却要舍近求远跑到深圳去？从云南到防城港港，一路共有160多个公路收费亭。而在东部沿海，如宁波等地，只要是集装箱运至港口，一般都不收公路费，或费用减半。
　　另一个亟待解决的难题，是码头堆场容量问题。在这方面，钦州港的问题尤其严重，其码头堆场只有400亩，去年支撑700多万吨货流已是超负荷运转，且目前没有扩展的可能。当然，如果搞大榄坪保税港区建设，还有希望解决问题。
　　背景：4月18日，广西钦州市委书记汤世保表示，作为规划中的保税港区，钦州将为整个大西南服务，并将成为我国开放程度最高、功能最齐全、政策最优惠的海关监管区。这使北部湾港口的发展再次成为关注焦点。