1928年7月12日，马士基航运公司的第一艘船舶LeiseMaersk从美国东海岸的巴尔的摩出发，经由巴拿马运河前往远东地区，开通了美国与远东之间的班轮航线。 
　　这艘船舶装运的是福特汽车零部件及其他一般货物。LeiseMaersk装载了3,600吨货物，相当于200个20英尺标准集装箱(TEU)。离开巴尔的摩59天后，LeiseMaersk到达日本，它将在第72天到达下一站菲律宾。返航时，这艘船舶装载的是糖、丝绸和油类产品。
　　二十世纪三十年代，马士基航运公司扩展了该航线并将其称为“巴拿马航线”，该航线当时共有九艘现代化船舶运营。那个年代还没有集装箱。货物通过卡车和火车运到港口并存放在仓库中。船舶到岸后，将货物从仓库运到码头，再用吊货网装船并码放在船舶的货仓中。这个过程繁重而耗时，因此在码头停靠一周或更长时间都是很平常的事。
　　货物运输并不是我们唯一的项目。1950年之前，马士基航运公司还曾提供过客运服务。货运班轮可搭载12名乘客。只要花不太多的钱，乘客“就能享受一次悠闲的旅行、了解一下七大海洋上的生活感受，同时还能亲身接触那些有着不寻常生活方式的人们”。
　　二十世纪五十年代恰逢马士基航运公司在世界各地扩展业务的时期，而业务的扩展又特别集中在将日本与新兴的东南亚和中东地区相联接的远东市场；另外，公司还引入了“环绕世界”航线，将西非也纳入了自己的网络之中。
　　1956年，集装箱革命的星星之火已经点燃。首个集装箱由IdealX从新泽西州的纽瓦克港运送到德克萨斯州休斯敦港。集装箱是由MalcolmMcLean发明的。据说，McLean在卡车中等待将货物重新装船的时候想到：与其来回装卸卡车，倒不如对卡车车身做一些改装，做成集装箱来进行运输。用集装箱装运货物的优势很多，比如，可以减少仓储需求、降低货物损耗、方便物流周转，同时，操作也更快捷、更标准化。这样，效率更高了，成本也更低了。正如《经济学家》中所描述的：“没有集装箱，可能就不会有全球化的出现。”
　　然而，集装箱运输的真正繁荣却经历了一段不短的时间。直到二十世纪六十年代末七十年代初，才达成了我们沿用至今的相关标准协议。1973年，马士基航运公司订购了首批专用集装箱船舶；1975年，容量为1400TEU的AdrianMaersk承担了马士基航运公司的首次集装箱运输。其沿用的航线即是开通了47年之久的巴拿马航线。
　　集装箱所带来的变革和影响在二十世纪七、八十年代开始逐步显现并增强，越来越多的货物也开始选择集装箱来进行装运。这样一来，对港口（港口需安装专业的集装箱起重设备并备有集装箱存放区域）和物流（需记录整个运输链的往来单据及信息）就提出了新的要求。为了给集装箱运输提供最好的支持，A.P.穆勒集团还在运输链中应用了一种更加完善的整体方式。这种方式加速了装运码头的升级、港口的发展并推动了物流公司的建立（马士基物流公司，原名是Mercantile）。
　　二十世纪九十年代，马士基航运公司重点发展与其他航运公司（P&O集装箱班轮公司和海陆公司）之间的合作与并购（1993年对东亚公司及1999年对海陆公司的并购）。我们的目标至今并未改变，那就是，在不断发展的贸易与全球化背景下，与客户共同发展、满足客户的需求。马士基航运公司在进行业务扩展的同时，还开发了自己的船舶。1996年，ReginaMaersk成为世界上最大、最现代化的集装箱运输船舶，容量达到6000TEU，可搭乘15名船员。但仅仅过了一年之后，也就是在1997年，它就被拥有6600TEU容量的SovereignMaersk取代了。
　　2006年，容量为11,000TEU的EmmaMaersk（其容量为LeiseMaersk的65倍！）创立了一种新的标准，使装运过程更经济、安全、环保。