2009年9月，深赤湾Ａ完成货物吞吐量468.5万吨，比去年同期减少15.1%。赤湾港区、妈湾港区完成集装箱吞吐量46.0万TEU，比去年同期减少14.3%，其中赤湾港区完成集装箱吞吐量30.3万TEU，比去年同期减少18.5%；散杂货吞吐量完成69.2万吨，比去年同期增加25.6%。 　　2009年截至9月末，深赤湾Ａ累计完成货物吞吐量3791.8万吨，比去年同期减少23.2%，其中赤湾港区、妈湾港区累计完成集装箱吞吐量347.9万TEU，比去年同期减少26.2%。赤湾港区累计完成集装箱吞吐量244.2万TEU，比去年同期减少26.8%；散杂货吞吐量累计完成563.8万吨，比去年同期减少3.0%。
　　截至2009年9月末，共有50条国际集装箱班轮航线挂靠。