在西部哪个城市中，也没有重庆市的国际货运代理业兴旺发达。“三峡蓄水后，我们代理的集装箱越来越多，给重庆摩托车出口带来的很大的方便。”重庆中外运一位专门代理摩托车外运出口的李先生表示，“三峡蓄水也给我们带来了副作用———水运货代市场竞争太激烈了。”
　　三峡蓄水以来，由于航道条件改善，给重庆市货物外运带来了巨大的便利。重庆市目前90%以上的外贸物资通过水路运输完成，水路货运周转量占重庆全社会总量的68.41%，居综合运输体系第一位。
　　水运优势进一步发挥正在进行175米试验性蓄水的三峡工程蓄水进展顺利，截至10月27日18时，三峡坝前水位为170.82米，比9月15日起蓄时的145.87米上涨了近26米。
　　由于内河水运具有运能大、运距长、能耗小、成本低、占地少、污染轻的比较优势，近年来，水运对重庆市及西部地区社会经济发展的服务能力增强。尤其是三峡蓄水后，长江航道变深，刺激重庆库区水路运输生产的快速发展，船舶大型化、专业化、标准化趋势日益明显。
　　据重庆市港航管理局介绍，重庆市汽车、摩托车、装备制造、石油天然气化工、材料工业等支柱产业的大宗物资运输主要通过水路，对水运依存度越来越大。内河水运为支柱产业提供的低成本物流平台，加快了生产要素聚集，形成了重庆市临港产业集群和沿江产业带，集中了全市约95%以上的冶金、机械制造和化工企业、95%以上的电力企业、100%的水泥企业和100%的造纸企业。
　　据了解，重庆载货汽车滚装在2000年开始出现，并得到快速发展，年营运收入由不到2亿元，增长到现在的近10亿元。重庆市港航管理局运输处副处长黄昌顿介绍说，以往重庆汽车生产企业通过水运，将商品车运往长江下游时，一艘船仅300个车位，现在随着船舶大型化，一艘船有800~1200个车位。2008年，重庆化危品专业运输企业发展到34家、152艘船舶、26.3万载重吨，年产值3.8亿元。
　　由于大力发展标准化集装箱、滚装船、油船及化学品船等优质运力，截至2008年底，重庆船舶总运力达356万吨，是2002年的3.9倍，全市货运船舶平均吨位由2002年的301吨，增加到2008年的1300吨，长江干线达到1400吨以上。
　　快班轮五天到上海自金融风暴发生以来，重庆市外贸集装箱吞吐量极速萎缩，今年2月份吞吐量最达到最低点，仅为1.7万标箱。“这不是重庆水运的问题。国外买家恢复后，长江水运给重庆外贸带来的竞争力会进一步发挥。”重庆中外运的李先生说。
　　重庆市港航管理局运输处副处长黄昌顿介绍说，目前，全球十大集装箱航运公司全都在重庆设立了代办处或分公司，使重庆的集装箱物流业务范围遍及世界各地。
　　集装箱运输在蓄水以来得到了迅猛发展。1993年，民生轮船有限公司开辟了重庆至上海长江集装箱班轮运输，开创了重庆集装箱运输的历史。蓄水前，集装箱船舶仅容100箱左右，现在最高能够达到426箱。至2008年，重庆市已有14家公司具备经营集装箱内支线资格，7家公司开班，每周42班。
　　重庆直达上海外贸集装箱“五定”快班轮2007年8月正式开通，这是重庆着力打造长江上游口岸物流中心的又一举措。“五定”快班轮是指按照定港口、定航线、定班期、定运时、定船舶的“五定”运作模式，由重庆港始发至上海港的一船到底的外贸集装箱快班轮。目前，民生、太平洋、重庆中远、重庆中外运和长航公司作为首批快班轮运营船公司，每周共开行10班，全程运行时间144小时，误差不超过6小时。
　　快班轮中途不做任何停留，而普通集装箱货轮需要8-10天左右。目前，首批快轮运营船公司包括民生、太平洋、重庆中远和长航等，每周10班，全年共开通520个航次。
　　为确保快班轮规范运行，重庆市政府口岸办研究出台优惠政策，对枯水期开通快班轮给予扶持；重庆海关和重庆市检验检疫局进驻寸滩港，每周7个工作日对快班轮货物设置专用通关通道，采取优先受理、优先查验、优先放行的“三优先”便利通关措施，确保报关、报检、验放通关流程4小时内完成，使每一个集装箱平均在港时间由过去的3天以上缩短为1天；港航局积极协调三峡通航管理局，对快班轮实行始发申报、优先过闸，并通过GPS定位系统实施全程监控，确保快速、安全、准点抵达上海港；寸滩港推出“快速、优质、优先”等10项集装箱港口作业优质服务承诺，保证港口24小时全天候作业，快班轮装卸作业时间不超过8小时，准点率达到100％。
　　从今年5月份起，重庆市外贸集装箱吞吐量与去年同期的降幅基本稳定在12%~15％之间，这也反映出目前重庆市外贸集装箱吞吐量已经趋于稳定。预计全年外贸集装箱吞吐量可达到26.5万标箱，全年同比下降幅度在10%左右。
　　进一步疏通黄金水道日前，交通运输部长江航务管理局和重庆市交委签署共建协议，务求以最快速度打造“黄金水道”，加快重庆长江水运发展。
　　重庆寸滩港是长江中上游最大的港口。一期工程3000吨级泊位2个，年吞吐能力20万标箱，二期工程完工后，将实施寸滩港区三期工程，规划建设泊位4个，新增集装箱通过能力56万标箱。此外，重庆市东部新城正规划修建物流能力百万标箱级的综合性港口。到2012年，寸滩二期工程已经完工投入使用，再加上果园港的一期工程完工、九龙坡港口、万州港、涪陵港等一起，重庆港的年集装箱吞吐能力将有可能达到200万标箱。重庆港周边航运体系完善、发达，能保证集装箱随到随走。
　　目前，重庆港堆场面积有限，九龙、寸滩堆存能力已达到过饱和状态，严重影响了港口的发展，制约了港口运营能力的提升。
　　据悉，在签署共建协议后，重庆市将加强港口总体规划管理，加快沿江主要港口建设，特别是集装箱、化危品、滚装等专业码头的建设。长江航务管理局则将加强对长江干线航线的治理，适时开展库尾航道的研究和治理工作，保护航道资源，改善通航条件。
　　此外，双方还将共同推进长江干线及三峡库区标准船型的研发和推广，着力推进船舶标准化、大型化、专业化。市交委也会加快现有非标准船型和老旧落后船舶的更新改造和淘汰。
　　10月20日，交通运输部水运局召集有关重庆市港航管理部门、协会和企业召开会议，专题研究长江载货汽车滚装船运输安全管理等有关事宜，明确提出非标准载货汽车滚装船分批退出三峡库区运输市场。
　　自2006年9月建成并投入使用，已经完成近50万台滚装车辆翻坝转运任务，并为当地移民提供200多个就业岗位。