据台湾“中广新闻网”报道，受金融海啸波及，海外的海空运输都呈现衰退状态。但是，台湾岛内的海空航运则是受惠于两岸直航，衰退幅度相对较少。台“交通部”表示，将重新调整台湾各主要机场及海港定位，朝向加值服务发展。根据统计，今年1到9月台湾主要港口的货柜装卸量，衰退6%~16%左右，下滑的速度，略低于全球前5大港口的表现。 　　据报道，台“交通部”称，受经济影响，桃园及高雄两主要国际机场的客货运都呈现衰退，与全球主要机场的趋势相似，去年8月实施两岸定期航班之后，前9周平均每周载客数为7万8千多人，比平日包机阶段平均每周4万6千多人高出甚多。货运方面，双方共飞航装载1万6千多吨货物，平均装载率为80.5%，显示两岸空运市场仍维持成长趋势。直航已发挥提升运量的效果。 
　　海运部分，近年大陆港埠高速成长，去年全球前10大货柜（集装箱）港，包括香港在内，有6个位于大陆地区。至于高雄港，受产业外移、转型，以及港口选择替代性增加等因素影响，近5年平均成长率仅1.95%。今年受金融海啸影响，世界前5大货柜港前9个月货柜装卸量，较去年同期衰退幅度平均约16.64%，至于台湾各主要港口，高雄港衰退16.3%，基隆港衰退13.01%、台中港衰退6.79%，程度上较为轻微。
　　台“交通部”说，正重新调整岛内港口的功能及定位，希望强化与产业供应链的合作，此外，两岸三通之后，到9月底为止，直航货柜装卸量达到117.8万标准柜，逐月成长，进出港旅客人数，也成长了16.81%，船舶总吨位数，成长约4.97%，显示两岸直航初具成效。