据重庆海关网站报道，２００８年，重庆海关在海关总署的正确领导下，坚持以科学发展观为指导，认真贯彻“依法行政，为国把关，服务经济，促进发展”的海关工作方针，主要包括： 
    一是围绕落实署市合作备忘录，全程推进保税港区的申报和建设，确保顺利获批、正式成立。围绕支持试验区建设，关领导带队赴区县调研，研究出台了《重庆海关支持重庆进一步扩大开放十项措施》；支持重庆航空口岸开辟新渠道、拓展新航线，配合铁路口岸开通新班列，协助重庆邮政筹建国际快件中心，确保重庆至上海“五定”快班轮顺利运行；推进加工贸易联网监管和“流程再造”，积极参与市政府主办的“深圳－重庆加工贸易梯度转移招商会”，以及惠普、西永微电园等重大招商引资活动，为“811工程”提供便捷的通关服务，协调解决了重庆地区成套设备和整船出口遇到的问题。 
    二是不断创新加工贸易和保税监管制度，严格依法行政，贯彻进出口税收政策，加强监控、强化复核，2008年税收达39.1亿，同比增长8.1％，创历史新高。积极推进“属地申报、口岸验放”区域通关改革，全年区域通关货运量首次突破200万吨大关，占同期重庆关区货运总量的52％，极大地拉动了重庆物流业的发展。共受理协查案件近百件，案值涉及金额近两亿元，打击走私犯罪活动76起。同时还加大了对知识产权侵权行为的打击力度，累计查获知识产权案件8起，涉案总货值逾646万元。这些强劲措施既有力地维护了国家利益，也为重庆市外向型经济的发展创造了良好的环境。
    三是为了增强重庆在金融危机中的“抵抗力”，重庆海关认真贯彻落实《署市合作备忘录》和《海关总署扩大内需促进经济增长十项措施》精神，采取各项举措，帮助地方政府和企业共同应对金融危机影响外，还量体裁衣出台了《重庆海关支持重庆进一步扩大开放十项措施》和《重庆海关帮助重庆应对金融危机促进经济增长七项措施》，积极为重庆度过金融寒冬保驾护航。 
    此外，该关还针对当前经济形势推出了《重庆海关应对金融危机促进经济增长七项措施》、《重庆海关支持重庆进一步扩大开放十项措施》。