一、营业税存在部分重复纳税现象。
    二、物流企业综合税负相对偏高。
    三、所得税属地缴纳不符合现代物流业跨区域发展的特点。
    四、整合社会运输资源中很难取得合法运输发票的问题。
    五、物流企业自开票纳税人的认定与额度管理的问题。
    六、仓储物流服务中土地使用税与物流企业兼并整合中土地出让金及营业税的问题。
    七、物流业税收存在征管困难、税收漏洞，对政策理解差异问题。
    八、有关行政管理部门管理费加重了物流企业的经营负担。