1995年，党中央国务院做出建设上海国际航运中心的重大决策。 
 1996年1月16日和11月27日,李鹏总理两次在上海召开专题会议，并明确“近期上海国际航运中心建设要做的六项工作”。 
 1996年5月10日，成立上海国际航运中心上海地区领导小组，并下设“国航办”。 
 1996年11月28日，上海市政府和原交通部共同组建上海航运交易所。 
 1997年，上海组合港管委会成立。 
 2000年11月3日，江泽民同志对上海国际航运中心洋山港建设做出重要批示。 
 2001年6月27日，上海市委成立上海市深水港工程建设指挥部党组。 
 2002年3月13日，国务院通过洋山深水港区一期工程可行性研究报告和开工报告，并同意授权上海市管理洋山港港政、航政和口岸管理的方案。 
 2002年6月，洋山深水港区一期工程开工建设。 
 2003年1月27日，上海港管理体制改革，成立上海市港口管理局，撤销国航办的建制；由市港口局挂国航办的牌子。 
 2004年，外高桥保税物流园区通过验收并运营。 
 2005年，长三角率先开展区域“大通关”建设。 
 2005年，上海港成为世界第一大货运港。 
 2005年，洋山深水港区顺利开港，洋山保税港区同步封关运行，洋山保税港区也是我国第一个保税港区。 
 2005年，上海高等级内河航道建设工程全面启动。 
 2006年，长三角16城市港口管理部门建立协调合作机制。 
 2006年，国务院批准筹建上海中国航海博物馆。 
 2007年，上海港集装箱吞吐量晋升世界第二。 
 2008年，开展“加快上海国际航运中心建设”调研课题研究。