据台湾媒体报道，台“交通部”表示：两岸开放大三通之后，海运直航较以往透过第三地中转及岛外航运中心的运作方式，船舶往来增长了26.42%，目前参与两岸海运业务的船只共107艘。其中，岛内共21艘，大陆19艘，权宜船67艘。 
　　据报道，在两岸运量部分，客运目前仍处在试探阶段，仅部分国际邮轮采项目申请方式，搭载大陆安利公司员工来台旅游。今年度预定停靠台湾的国际邮轮目前累计约64航次，比去年增长了42%，增加了19航次。货物运输部分，直航之后，两岸货柜装卸达到16.3万TEU，总装卸货量达到332万公吨。

　　不过受到世界性不景气的影响，全球前15大货柜港，只有天津港维持增长，其它都呈现衰退，平均衰退幅度约9.5%，台湾的高雄港衰退幅度约10.59%，其它港口衰退幅度多半在11%~19%之间，高雄港在衰退排行榜上位居第七，并非衰退最严重的港口。“交通部”表示：两岸三通帮助岛内海运业者，减少金融海啸的冲击。