开放的经济离不开开放的口岸。为满足经济飞速发展的需要，适应园区加工贸易为主的进出口特点，园区不断加大加快特殊区域建设的步伐。在过去的几年中，园区先后申报了口岸通关点、出口加工区和保税物流中心(B型)。2006年召开的第八次中新联合协调理事会议进一步明确，允许在苏州工业园区进行保税港区功能的试点，将国内目前最优惠的特殊监管区域政策赋予了园区。2006年12月17日，国务院批准同意设立苏州工业园综合保税区。 
    苏州工业园综合保税区规划面积为5.28平方公里，分为东、西两个围网区。西区为原出口加工区A区，面积1.4平方公里。东区包括原保税物流中心(B型)0.5平方公里、出口加工区B区1.5平方公里及新开发建设的口岸作业区1.88平方公里。2007年8月28日，综合保税区首期4.2平方公里顺利通过海关总署等国家九部委的联合验收。
    综合保税区目前共有注册生产企业89家，物流企业30家，贸易公司31家。区内已形成汽车零部件、航空器件制造为主的保税加工体系;区内的UPS、KWE(日本近铁)、中外运、大田等知名物流企业为全国25个省、直辖市近2000家生产企业提供保税物流服务。2007年，综合保税区累计监管货值达389亿美元，同比增长32%，已成为华东地区重要的精密机械制造基地和电子产品集散中心。
    综合保税区为企业提供一站式的服务。园区海关、园区国检、工商、国税和外汇管理局均在区内设有现场办公机构，为企业提供从注册到通关报检、退税申报及外汇核销在内的一站式服务。园区管委会在区内设立了正处级编制的综合保税区管理办公室，负责区域日常的企业服务和政策协调。