虽然我国医药物流从兴起发展至今已有时日，但目前的医药物流更多的只是概念的炒作，缺乏对医药物流的真正理解和切实执行。很多处于“做医药物流”的人还没有弄清楚到底什么是物流。这说明从投资或经营的观念上来看，人们对医药物流仍然存在一些误区： 
    1.医药物流就是医药经营企业
    这种观念认为，所谓的医药物流就是医药经营即医药流通企业，说白了就是我国目前医药流通领域的医药商业企业。因为他们认为医药商业企业处于供应链的下游，是医药营销渠道中占主导地位的成员，承担了药品分销流转的主要任务，因此他们就是物流的执行者。
    2.医药物流就是药品配送
    还有一种观念，以偏概全地认为建几个仓库配备几十辆货运卡车就叫物流，医药物流工作就是药品的配送工作。其实，配送和运输只是医药物流的一个具体环节而已。除此之外医药物流还包括药品供销配运环节中的验收、存储、分拣等一系列环节。
    还有人认为医药物流就是要配备进口的设备、先进的系统。因此一些医药企业不顾实际，能用低廉的人工完成的分拣，却偏偏要花巨大代价引进先进物流分拣设备。
    3.中小规模企业没有必要也无法整合物流
    据行业统计，目前全国药品批发企业1.65万家，零售企业近14万家，全国零售药店总数12万家、药品生产企业6300多家。这些企业中95%以上都是中小型医药企业，与此同时认为中小规模医药企业没有必要也无法开展物流整合是我国目前医药物流发展过程中的一大认识误区。虽然中小型医药企业在投入上无法与大型企业相比，无法成为供应链整合的领导者，但是作为现行医药供应体系中的一部分，任何一个供应链的优化项目都离不开这一环节。在中国医药供应链整合逐步受到重视的将来，任何一个供应链中的成员也希望有这样的战略合作伙伴参与到项目中来，以共同探索成功之道。事实上，中小型医药企业可以在两个层面上开展物流整合，以提高物流服务水平、降低物流成本。一是在作业层面上，积极优化内部作业流程以提高效率和客户服务水平，并探索与第三方医药物流企业的合作模式以取得成本降低；二是在战略层面积极参与到大型企业领导的供应链整合中去，从上下游环节取得成本降低和服务提高。
    4.设备和技术决定竞争能力
    认为物流设备、技术越先进就越有利于强化企业竞争力，越能吸引客户和战略合作伙伴，在物流项目的建设上重技术先进性带来的宣传效应，而轻视了系统应用中的协调一致性，是当前国内医药物流投资的又一误区。这一认识的直接后果就是物流系统化、信息化、自动化不是为自己“量体裁衣”，与现有的业务规模和管理水平不匹配。事实上，作为一项系统工程，物流效率和服务水平的高低不是取决于整个系统最强的部分，而是取决于最薄弱的环节。单一技术环节的高要求、高投入并不能显著改善整个物流系统的表现。从战略投资者、商业合作伙伴或者是下游的客户的角度来说，更注重的是整个物流系统的可靠性、完整性和物流整体服务水平的高低，而不是物流设备、技术的先进程度。中国的医药物流要由传统的粗放型向现代化的信息型转变，存在着政策法规、业态流程、经营模式、观念、软件开发和人员这几大障碍，这几个主要的问题不解决，设备和技术再先进也无用武之地。’
 5.物流业就是储运业 
    许多大大小小的储运公司实际上进行着运输、保管、包装、装卸、流通加工等与物流有关的各种活动。所谓储运主要是指存储和运输。储运业在我国是一个十分古老和传统的行业。而物流相对于储运而言却是一个新的概念，在二战后才在各国兴起，物流业和储运业之间存在如下差别：
    （1）储运和物流的内含有区别。储运基本上只指储存和运输这两个环节，虽然有时也涉及到物品的包装、装卸、流通加工及相关信息活动，但一般这些活动并不包含在储运的概念之中，而物流则包括物品的运输、保管、配送、包装、装卸、流通加工及相关信息活动，所以物流比储运所包含的内容更为广泛。
    （2）在储运的概念中并不涉及存储运输与其他活动整体系统化和最优化的问题，而物流则十分强调相关活动的系统化，以期达到整个物流活动的整体最优化。（沈阳药科大学教授陈文玉）