2009年,国际金融危机肆虐,深圳海港、空港经济受到严重影响,但港航业、航空业克服重重困难,采取积极措施,1月至12月,深圳海港、空港经济形势回暖迹象日益显现,主要指标继续回升,累计降幅进一步收窄, 2009年港口货物吞吐量累计降幅连续10个月收窄，12月累计降幅首次降为个位数；机场货邮吞吐量累计降幅逐月递减，12月累计由负转正，总体态势积极向好。 
港口货物吞吐量降幅放缓
2009年1月至12月,深圳港货物吞吐量19364.99万吨,与上年同比下降8.33%,降幅较前11个月累计放缓2.30个百分点,其中,集装箱吞吐量1825.02万标准箱,同比下降14.78%,降幅较前11个月累计收窄1.64个百分点。1月至12月,深圳港旅客吞吐量累计288.30万人次,同比下降19.66%,降幅较前11个月累计收窄1.39个百分点。
深圳港货物吞吐量2009年2月降幅达23.47%，为全年最大，但累计降幅( 8.33%)已连续10个月收窄，且全年累计降幅首次放缓到个位数;集装箱吞吐量自2008年9月份起,已连续16个月同比下降,但降幅继续企稳、收窄,下滑态势趋稳,逐季向好;重、空集装箱吞吐量降幅逐月同步减少,两者差距缩小(由1月份的17.42个百分点缩减至1月至12月的0.57个百分点)。
此外,深圳港国际集装箱班轮航线数量保持相对稳定,至2009年底,已由一季度末的177条回升到182条(美、欧航线减少,亚、澳航线增加);内贸货量占全港总量比重上升,内贸货量累计降幅亦明显低于外贸,内贸下降1.28%,外贸下降16.3%;招商港务、海星码头散杂货成为深圳港最大亮点,其中招商港务累计增幅自一季度的0.73%提升至当前的9%,海星码头散杂货2009年11月起亦由负转正(增幅为4.3%);旅客吞吐量仍萎缩,蛇口客运码头下降14.75%,福永客运码头降幅高达49.86%,但累计降幅较上月继续放缓。
港口内贸运输业务得到拓展
国际金融危机影响仍未消除,外贸依存度高的深圳港所受到的冲击依然巨大。面对危机和挑战,深圳市政府进一步优化港航政策、完善发展环境,继续实施《深圳港航产业发展财政资助资金管理办法》及配套实施细则,加快落实促进港航发展的财政资助政策,实施《深圳市关于支持物流企业应对金融危机的专项资金措施》,增加资助项目,提高资助标准,鼓励内贸集装箱运输、两岸直航、货代经营人及深圳籍船舶业务发展;进一步优化港口运输结构,支持和吸引更多国内外知名班轮公司进驻深圳港,把握外贸新热点,开发至地中海、中东、拉美、非洲等地新航线。
深圳港还不断拓展内贸运输业务,继续拓展国际中转业务;积极实施“珠江战略”,全力推进江海联运,发展华南公共驳船快线;继续推进海铁联运,积极打造“内陆港”;落实交通物流企业大走访活动,积极为港航企业排忧解难;大力推进港口走绿色环保发展道路,达到节能增效目的。
机场货邮吞吐量由负转正
2009年1月至12月,深圳机场货邮吞吐量60.54万吨,与上年同比增长1.25%,全年首次由负转正；机场旅客吞吐量2448.64万人次，同比增长14.42%,持续逆势上扬。
深圳机场货邮吞吐量2009年1月降幅达35.00%，为全年最大，但累计降幅逐月收窄，12月累计同比已由负转正；机场旅客吞吐量由于深圳机场主要以国内航线旅客运输为主（占总量的96.9%），受国际航空市场萎缩影响不大，全年逆势持续上扬。
机场旅客吞吐量高位平稳运行
深圳机场旅客吞吐量持续逆势上扬，保持高位平稳运行，主要原因有：机场以国内航线旅客运输为主（占总量的96.9%），受国际航空市场萎缩影响不大；民航局对机场空域容量的限制有一定放松，机场日航班起降架次得到了提高，加之机场加开“红眼”国际航班，以价格优势赢得更多旅客青睐；各大航空公司通过优化调整航线、更换大型机、增加飞机投放，旅客航空出行运力得到了充分保障；及时抓住内地城市开放香港自由行及台湾直航的契机，推出“经深飞”项目，成为机场客流新增长点，效果正逐步显现，往来两岸的旅客数量亦持续提升；机场继续在周边多个城市开设异地候机楼和城际快线，取得了良好成效；各航空公司在淡季采取票价优惠策略，出行成本的降低在一定程度上激发了旅客选择飞机出行的热情。
在全球金融危机影响仍未触底，甲型H1N1流感疫情还在流行，我国经济所受影响持续的情况下，深圳市政府积极落实《深圳市关于支持物流企业应对金融危机的专项资金措施》，帮助航空公司、航空货代企业度过难关，增强航空企业立足深圳发展的信心；继续开展 “经深飞”、异地候机楼（如：机场湾仔、东莞塘厦分别于8月12日、9月23日正式启用，机场珠海拱北口岸、吉大汽车站城市候机楼亦于10月19日同时开通）、城际快线及本市候机楼（如：位于福田交通综合枢纽的机场首个市内候机楼于7月1日正式启用，机场罗湖口岸（侨社）候机楼亦于11月6日投入使用）等客运业务项目，加强机场中转功能，延伸服务区域范围，并加大宣传推广力度；增加深圳至台湾的两岸直航航班，由包机航班转为定期航班，满足海峡两岸客货直航需求；继续着力拓展拉美、俄罗斯、中东和印度等新兴地区的国际航空业务；积极协调推进UPS亚洲转运中心项目，深化深港机场业务合作，做好顺丰等航空公司落户深圳工作，支持航空业总部经济发展，保障深圳机场可持续发展。