作为“北煤南运”的主通道，苏北运河在电煤运输中发挥着重要作用。据统计，目前日均通过苏北运河电煤运量达12.5万吨。
 苏北航务管理处10道船闸、4个航道站和1个应急保障中心全线整体联动，全力保障电煤运输“绿色通道”安全通畅，简便手续，优先放行。一方面对装运电煤的运输船舶及时受理，优先安排，快速通过。特别是对发电与供热等企业，可以通过安装在煤炭运输船舶上的GPS终端，进入苏北航务处政务网站“电煤优先保障受理系统”，随时了解电煤运输船舶运行动态。同时，加强船闸运行现场协调指挥，发挥“零间隔”登记制度的作用，缩短煤炭运输船舶过闸时间，加快调船节奏，充分利用闸室容量，提高运行效率。