为及时掌握台湾海峡两岸间海上直航运输动态，加强两岸间海上通航管理，交通运输部最近发布了“两岸海上直航运量统计报表制度”，该项制度自2011年1月1日起正式实施。这是第一个关于台湾海峡两岸海上直航运输的统计报表制度。
该项制度要求所有从事台湾海峡两岸间海上直航运输的船公司，按季度向部水运局报送两岸海上直航客货运量数据。其中，从事直航运输的台湾及港澳地区船公司，通过其大陆船舶代理公司报送。