2009年5月，为支持和配合《珠江三角洲地区改革发展规划纲要（2008-2020年）》（以下简称《纲要》）实施，发挥广东省内海关在加快推动珠江三角洲地区经济结构转型和发展方式转变中的作用，海关总署广东分署提出十一项措施并在全省海关执行。截至2009年底，广东海关围绕《纲要》涉及海关工作的若干重大建设项目，及时制定落实措施和工作保障机制，在鼓励加工贸易延伸产业链和促进加工贸易转型升级、优化海关通关监管模式等方面取得初步成效。 　　全力支持和保障重大建设项目实施
　　广州白云空港综合保税区(简称广州综保区)建设是《规划纲要》的重大实施项目之一，海关广东分署及广州海关根据省政府和广州市政府的有关要求，积极参与广州综保区的可行性研究，提出功能区规划优化和一体化管理等建议，并就申报过程中国家有关部门提出的问题迅速提出解决方案。去年11月底，作为广州综保区重要组成部分的广州空港保税物流中心通过国家验收，近期将投入运营。
　　去年以来，根据中央和省政府关于横琴开发的总体构想和功能定位，拱北海关7个专题小组形成了14份专题报告，对创新横琴通关制度和支持澳门大学横琴新校区建设提出67条政策建议。4月，海关总署调研组赴横琴实地调研，提出“分线管理，模式创新”的监管思路，为确保《横琴发展总体规划》顺利获得中央批准发挥了关键作用。此外，分署与拱北海关积极参考借鉴上海浦东新区、天津滨海新区、中哈霍尔果斯合作中心等地区的做法，努力推动“分线管理”这一全新的监管模式落到实处。
　　此外，省内海关通过务实有效的措施，积极主动融入地方经济发展大局，以实际行动支持多个国家重点项目和地方重点产业建设。汕头海关制定对台货运直航相关通关便利措施，加强监管、快速通关、优化服务，有力支持汕头对台直航。江门海关为加快推进属于国家重点建设项目的台山、阳江核电建设，实施了“门对门”的监管和服务；为“国家重点大型能源基地”国华台电公司进口燃用煤提供专用窗口通关、实施驻场监管、简化通关、网上税费支付等便捷通关服务，共验放进口动力煤128万吨，征税1.06亿元。湛江海关主动提前介入和参与钢铁厂和宝满码头的建设进程，全程主动做好跟进和服务工作，促进地方龙头项目的起步和发展。
　　积极应对金融危机，优化海关服务与监管
　　2009年，金融危机使“两头在外”的加工贸易企业深受影响，为促进加工贸易转型升级，帮助企业渡过难关，黄埔海关与东莞市政府联合开展“促进加工贸易转型升级和内销便利化”专项工作，为转型升级企业提供多项政策便利；同时通过企业自愿、主动申报，海关重点核查的方式，解决企业生产经营过程中的历史遗留问题，加快企业转型升级。据统计，截至2009年12月底，共有246家企业成功实现转型。
　　2009年6月，海关广东分署在广州、深圳、拱北、汕头、黄埔等5个海关组织开展金融危机下广东外经贸企业经营状况专题调研，与涉及一般贸易、加工贸易、物流、报关等55家企业及众多行业协会、商会代表进行工作座谈，并实地走访13家各类型企业，向130家企业作问卷调查，直接了解企业在金融危机下的生产经营和进出口情况，掌握企业需求，及时解决企业疑难问题。
　　同期，广州、深圳、拱北、黄埔等海关启动分类通关改革试点工作，通过优化监管模式进一步提高企业通关速度。据了解，分类通关改革目前已覆盖所有海、空运出口业务现场，广东七成以上出口货物、五成以上出口报关单纳入到改革试点范围，其中超过50%的报关单可以低风险快速放行，企业通关效率得到极大提高。据统计，深圳海关截至11月30日，已在试点口岸通过风险参数甄别出口报关单139万份，快放报关单平均比例达53.12%，单日最高快放比例达到76%；拱北海关截止12月底在试点口岸共验放分类通关报关单15.67万份，其中低风险快速放行8.61万份、占54.96%，高资信企业出口低风险货物通关时间缩短50%。
　　另一方面，卡口联网和“属地申报，口岸验放”通关模式继续有力推行。深圳海关通过将跨境快速通关与跨关区“属地申报、口岸验放”相结合，节约了企业通关成本。黄埔海关下辖寮步车检场、长安车检场自启动试点以来，截至12月31日已通过卡口系统验放电子关锁车辆36761车次，成功率达97.05％。汕头海关2009年共办理“属地申报、口岸验放”业务350票，重量6451吨，金额1229万美元。
　　数据显示，2009年广东省内海关税收实际入库1818.55亿元，税收实际入库首次突破1800亿元大关并创年度历史新高，比2008年税收实际入库增长4.55%。
　　强化海关知识产权保护，重拳打击走私违法活动
　　2009年，广东省内海关加强与港、澳两地海关的互助合作，粤港、粤澳海关先后交换知识产权情报近100份，协查重大跨境侵权案件10余宗，与港澳海关开展保护知识产权联合执法行动5次，在行动中共查获侵权案件40余宗，有力打击了跨境侵权行为，维护了自主知识产权的合法权益。与此同时，广东省内海关充分运用刑事执法和行政执法手段，全年共破获案值上亿元的案件多宗，涉及走私成品油、红酒、手机、废旧电器、皮草、汽车、化工原料、毒品、象牙等货物、物品，为《纲要》的顺利实施和规范进出境监管秩序创造良好的执法环境。据统计，年内海关缉私部门共立走私犯罪案件709起，案值80.63亿元，涉税额14.04亿元，同比分别上升28.2%、下降20 %和6.4 %；共对1702名犯罪嫌疑人采取强制措施，同比上升20.37%。