2009年12月30日，南京港口集团公司和中国外运长航集团有限公司重组合作拉开序幕。为深化港航全面战略合作关系，双方以打造南京江海型主枢纽港为目标，通过资本联合、业务整合，实现双方资源共享、功能互补、联动发展、合作共赢。
 双方商定，围绕建设南京长江国际航运物流中心的目标，立足南京，联系内地，把重组后的新公司建设成为长江下游集装箱枢纽港口、长江三角洲地区散杂货业务中心港口和长江流域能源中转港口，成为连接内陆广大腹地、沟通中东西部的重要航运物流枢纽，成为长江流域国际性、多功能、综合型江海转运主枢纽港。