两岸海运协议后续协商，交通部松口表示愿意适度增加现有两岸集装箱定期航线运力，核准新航线开辟，台航高层主管证实，去年底就已经申请重回两岸航线，如果顺利获准，将购置两艘集装箱船加入营运。万海则表示，公司曾经申请华南─台湾航线未获回复，这次将会考虑重新提出申请。  
    台航在两岸未开放直航前，曾经经营两岸三地间接定期航线，在2008年7月暂停营运，船只出售拆解。由于两岸三地航线是特许航线，航权取得不易，当时包括阳明海运与德翔航运都考虑与台航合作经营这条航线。  
    台航过去一年多未重回两岸集装箱定期航线，主要是因为市场运价太低，两岸开放直航后，从华北运到台湾转运的远洋线货载日益增多，目前每小柜运价已经回升到约3百美元，平均装载率也从五成多提高到九成，台航决定与阳明海运、华冈船务等合作重回两岸航线。  
    台航计划购买两艘船龄10到12年的可装载1,200小集装箱船只经营两岸航线，船舶中介公司指出，目前该船龄船只稍早成交价约800万美元，不过船价在回升，估计现在两艘船约需投资2千万美元。