明年5月1日以前，金陵船厂最后一个直排长江的污水口将正式关闭，这标志着南京上元门取水点附近所有企业的污水将直接并入南京城市的污水管网，不再直排入长江。 
位于长江岸边的金陵船厂本身有三个排水口，工厂内的生活污水基本上都是直接排入长江，而这些排水口均处于南京的二类水源地范围内。金陵船厂的雨污分流工程自筹资金800余万元，在厂区中铺设了两公里的雨污分流管道，以实现和市政管网的“无缝对接”。记者在该厂内看到，原先三个污水排放口，已经有一个被关闭，剩余的两个也将分别在今年年底前和明年5月1日前关闭。
南京市环境综合整治指挥部表示，目前上元门附近的十多家企业已经分别各自实施了企业的雨污分流工程，与主城的污水管网连通，这些企业的污水将全部进入城北污水处理厂进行处理。