1．思想认识障碍
全社会绿色物流理念淡薄，绿色物流的思想还没确立;各级政府对其重视程度远远不够;企业片面追求局部效应和短期经济效益，忽视物流活动对环境的负面效应。
2．体制政策障碍
我国物流业传统的条块分割管理体制、多头管理、分段管理体制，造成物流各部门之间缺少有效的协调，物流体系内在联系被人为分割，严重制约物流体系的整体统筹与规划，影响各种物流服务的协调发展，妨碍物流社会化、集约化进程，导致物流资源的严重浪费。绿色物流的发展离不开政府的引导与支持，目前我国在绿色物流产业政策方面还缺少相应的扶持政策，各种法律法规也有待完善。
3．基础设施障碍
近几年来，尽管我国物流基础设施已有较大的改善，但与我国经济以及物流产业的发展要求相比，与发达国家相比仍存在着较大的差距，这在相当程度上影响着我国物流效率的提高，不利于绿色物流快速健康发展。主要表现在：首先，我国交通运输基础设施总体规模仍然偏小，按国土面积和人均数量计算的运输网络密度，美国为6869.3公里/万平方公里和253.59公里/万人，德国为14680.4和65.94，我国仅为1344.48和10.43，远远落后于欧美发达国家。其次，缺乏能够有效连接不同运输方式的大型综合货运枢纽、服务于区域经济或城市的物流基地、物流中心等现代化物流设施，严重影响物流集散和运输效率的提高。第三，物流设施结构不尽合理，不能充分发挥现有物流设施的效率。
4．技术障碍
我国物流信息管理水平和技术手段比较落后，先进物流信息技术开发应用滞后，缺乏必要的公共物流信息平台。订单管理、货物跟踪、库存查询等物流信息功能较弱，制约了物流运行效率和服务质量的提高。不同物流部门之间技术、设备、信息标准不统一，非标准化行为相当普遍，尤其在包装、运输、装卸等一些流通环节缺乏统一的标准，造成物流成本上升，资源浪费，不利于参与国际竞争。
5．人才障碍
随着我国现代物流产业的蓬勃发展，对物流人才的需求也急剧增加，物流人才的严重匮乏已经成为制约我国现代绿色物流业发展的瓶颈，物流专业人才也被列为我国12类紧缺人才之一。当前我国现有的物流从业人员整体素质还比较低，缺乏既懂管理又懂技术的高素质复合型人才;物流学历教育与培训认证工作滞后;物流师资力量薄，教育手段落后，严重制约绿色物流的快速发展。