遵照国家船检局的规定，为保证船舶的运行安全，船舶每两年必须进行坞修，黄海水产研究所“北斗”调查船2006年坞修工作即将进行。船舶坞修工作是船舶管理及使用的重要组成部分，本次“北斗”号坞修工作从准备阶段到组织实施受到了所领导的高度重视，从2005年年底，所领导多次组织有关人员召开会议，商榷坞修的有关事宜，确定坞修内容，本着“公平、透明”的原则，通过张贴通知和在所网站上发布招标信息，最终由所招标小组议标，对所有投标单位的资质、注册资金、技术力量和业绩进行严格审查，确定了修船单位和时间。 
“北斗”轮本次坞修将于6月22日启航去天津新港船厂进行。由于今年“北斗”轮调查任务特别饱满，只能选择在六月下旬和七月上旬这段时间进行坞修。为此，所财条处的有关人员不辞辛苦，在半个月的时间内，分别到舟山、大连和塘沽等地考察船厂，通过多方协调，选择了合适的坞修船厂，船舶坞台为天津新港船厂30000吨船坞。这是“北斗”轮运行20多年来第一次在外地上坞，“北斗”号全体船员表示，一定要认真工作，严把质量关，确保本次坞修工作圆满完成。