随着南沙新区进入新的发展轨道，将着重构建一个与城市定位相匹配的“枢纽引领、通道快捷、网络完善、系统协调、品质优越”的综合交通系统。南沙将建南沙枢纽和庆盛枢纽两大枢纽中心，来构建南沙新区综合交通体系的核心节点。而龙穴岛深水港规划陆域面积54平方公里，建设87个万吨及以上的远洋和江海联运泊位，港区将依托发达的江、海水运系统、完善的高快速路系统和强大的疏港铁路，建设成为华南地区的枢纽港，珠三角航运资源整合中心，能源、原材料、商品的中转、交换基地。