12月19日，交通运输部发布《关于台湾海峡两岸间集装箱班轮运价备案实施的公告》，建立两岸班轮运价备案制度，该制度自2013年3月1日起生效。该制度的实施将从根本上遏制“零运价”、“负运价”现象，切实保障运输各方当事人合法权益，促进两岸海上直航健康有序发展，是一项积极应对当前严峻航运形势的举措，也是一项实实在在的对台惠民政策。 
　　按照公告规定，两岸集装箱班轮经营者为运价备案义务人，应报备两岸间全部29条班轮航线上大陆直航港口出口的集装箱货物（含承运第三方的中转货）海运运价。公布运价自备案受理之日起满30日生效。协议运价自受理备案之时起满168个小时（7天）生效。
　　上海航运交易所指定为运价备案受理机构，制定运价备案操作指南，并提供相应的技术服务。为加强信息引导，由上海航运交易所和厦门航运交易所共同编制并发布两岸集装箱运价指数，总体反映运价水平的变化。
　　受全球航运严峻形势的冲击，去年第四季度至今年第一季度，两岸集装箱运输出现了“零运价”、“负运价”现象，损害了两岸直航班轮公司和货主的权益。交通运输部会同有关单位相继采取了约谈、调查、情况通报、加强行业自律等措施，促使运价稳步回归理性。为有效遏制恶性杀价竞争，经充分征求意见，在两岸集装箱班轮公司的支持下，交通运输部制定了两岸集装箱班轮运价备案制度。