在决定将总部迁回东莞的同时，南方物流还计划在莞设立电子商务配送中心。实际上，这也正是南方物流作出总部回迁决定的重要背景。 
　　在2000年前后将总部迁往广州之后，实际上东莞仍是南方物流体系中的市场中心，而本次将行政中心迁回东莞，让两大中心集中起来，正是南方物流发力电子商务配送业务的第一步。
　　在陈少鹏看来，电子商务配送不仅是南方物流未来发展的方向，也是整个物流业今后的大势所趋。而通过几年来与亚马逊的合作，南方物流也积累了足够的经验。
　　“电子商务面临着物流、信用、支付三大难题。”陈少鹏说，南方物流希望克隆亚马逊的物流模式，通过建立供应链管理的体系，从物流环节出发，通过电子标签、整体监控、信息管理等方式，提升整个电子商务交易中大部分环节的诚信度，减少诚信问题的发生频率。为此，南方物流计划建立全自动仓储，直接连接制造商与终端消费者。“这是集团接下来的一个重点，要形成辐射整个珠三角的电子商务配送中心。”陈少鹏说，电子商务配送中心的业务上马之后，南方物流在东莞的员工或达到1000人以上。