近年来，京杭运河苏北段经过全线整治，大力发展“绿色航运”，在航道整治中引入生态理念，以减少对原有生态环境的破坏，使货物运输量不仅稳步提高，沿线水环境和生态环境也得到不断改善，2011年全线达到国家二标航道标准。苏北航段还专门在航运沿线各船闸实行“GPS一票通”服务，让船员不出船舱就能完成船舶过闸所有流程，在节约燃油的同时大大减少了碳排放量。