该工程环境影响评价报告由交通运输部水运科学研究所负责编制。据记者了解，2009年6月，环保部以《关于锦州港专业化煤炭码头工程环境影响报告书的批复》对原工程环境影响报告书进行了批复。
之后，中电投锦州煤码头工程进行了变更。建设内容由2个5万吨级、1个7万吨级和1个10万吨级共4个煤炭专用泊位变更为3个7万吨级煤炭专用泊位，年吞吐量由5000万吨变为3500万吨，利用岸线长度由1100米变为820米。
此次调整，填海造地用海227.38公顷，港池用海面积65.24公顷，总用海面积为292.62公顷，较原环评增加35.73公顷。煤炭堆存方案由 20座总容量共130万吨的筒仓变更为3座总容量145.35万吨的南北向布置的半封闭环保型抑尘散货料棚，每座宽128.8米、长1105.4米，高 42米，上方开口宽度80米。
该工程总投资44.94亿元，其中环保投资5157.3万元，占工程投资的1.15%。
编制方介绍，编制环评报告时，已采取报纸公示、网络公示、张贴公告等形式进行了公众参与，共发放调查问卷105份，收回103份，均表示支持。
但环保部指出，该项目及报告书存在诸多问题：
工程所在区域大气环境较为敏感，紧邻有笔架山风景名胜区，目前已有的散货码头和堆场防风网工程未完工，扬尘污染较重。本项目煤炭堆场方案由筒仓变为条仓后，将加重区域扬尘污染。
报告书分析变更后的煤炭堆场方案环境影响时，利用的物理模型比例尺与实际方案规模相差太大，模拟预测结果无法反映堆场方案变更后的实际影响。
“报告书缺少对细颗粒物PM2.5的监测和分析，对工程变更后的大气环境影响分析结论不可信。”环保部在批复中称，报告书还遗漏了评价范围内1处大气敏感点。
环保部拟不予批准变更后的锦州港专业化煤炭码头工程建设。
