近年来，随着嘉兴港货物吞吐量的快速增加，提升港口通关效率成为嘉兴港急需解决的一个难题。对此，嘉兴港从提升自身软件与硬件两方面工作着手，做好各项细化优化工作。在提升硬件方面，嘉兴港采用了集装箱查验中的高新设备——H986集装箱查验设备，该设备对单个集装箱扫描成像仅需7秒，日查验能力达 2000标箱，投入使用以来货物查验放行速度提高30%，为企业节约物流成本近千万元。2013年12月，嘉兴港乍浦港区海关查验中心正式投入使用，促使 H986查验设备机检入房、查验平台、查验场地等相关配套设施得以整合，“一站式”服务有力推动了嘉兴港通关效率的进一步提高。在提升软件方面，嘉兴海事局、边检站等部门实行5+2工作日和24小时工作制，目前，嘉兴港乍浦港区的一期、二期码头已顺利实现24小时进提箱工作。随着嘉兴港的通关作业无纸化与区域通关业务改革逐步深化，嘉兴港已实现省内各地均可利用“杭州海关区域大通关平台”经由嘉兴港开展进出口的业务。同时，嘉兴海关与宁波海关联合推出“内支线虚拟船名航次”新举措，使企业不再因航次临时调整而无法享受提前报关的便利，从而进一步提升了通关速度。2013年嘉兴港进出口货运量首次突破800万吨，同比增长23.7%，年吞吐量增幅已连续六年在长三角地区排名第一，在全国港口中也名列前茅。