2009年8月31日起实施的两岸航空运输定期化也使厦门首次实现了与台湾的货运空中直航。由于厦门出口台湾的货物很多，直飞在时间和运价上极富竞争力，因此航空公司订舱情况十分可喜，出口舱位利用率基本保持在90%以上，国庆期间更出现了天天“爆舱”的情况。厦门海关积极调研协调，制定应急处置预案，主动宣传海关监管规定和便捷措施，确保两岸空中货运直航顺利开展。截至10月13日，该关共监管44个往返航次，进出口货物924吨。