五是水运建设实现长足发展，水运聚集辐射能力显著增强。改革开放初期，重庆市的内河航运基础薄弱，全市内河航道通航里程444公里，其中能通机动船的只有177公里，水运总体水平较低，重庆港年货物吞吐量仅为369.8万吨。改革开放特别是直辖以来，重庆水路交通日益受到重视，建设投入成倍增长。三峡工程建设为重庆水运发展创造了重要发展机遇。重点推进了嘉陵江草街、利泽航电枢纽工程和乌江彭水、银盘航电枢纽工程建设。截至2008年底，全市内河航道通航里程达到4337公里，比1978年增长9.0倍；港口建设方面，28个库区淹没复建码头项目先后建成并投入使用，完成了寸滩集装箱码头一期、郭家沱重载汽车滚装码头、万州红溪沟散货码头、奉节宝塔坪和巫山龙门旅游码头等一批大型化、专业化、机械化的码头建设。截至2008年底，全市港口货物吞吐能力达到11186万吨，集装箱通过能力达到96万标箱，已基本形成以主城、涪陵、万州三个枢纽港区和江津、永川、合川、奉节、武隆五个重点港区为龙头的港口体系，拥有各类生产性码头泊位870个，码头岸线长度72522米。 
　　重庆内河航运的竞争力明显提升。 
　　2008年，重庆全市水运货运量由1978年的4816万吨增长到6961万吨；完成货物周转量总计1291.1亿吨公里，比1978年的119.0亿吨增长10.8倍，年平均增长12.6%；港口货物吞吐量7892万吨，比1978年的369.8万吨增长21.3倍，年平均增长16.5%。客运量总计87450万人次，比1978年的5294万人次增长16.5倍，年平均增长15.1%；水运货运平均运距已达1268.9公里, 成为综合运输体系中平均运距最长的运输方式，全市90%以上的外贸物资是通过水路运输完成的，水路货运周转量占重庆全社会总量占到68.41%，位居综合运输体系第一位。同时，水运旅客周转量总计10.6亿人公里，比1978年的2.3亿人公里增长4.6倍，年平均增长7.9%。 
　　五是航道整治工程。改革开放特别是直辖以来，重庆航道条件不断改善，2003年三峡成库至库区蓄水156米，重庆新增航道54条，新增通航里程225公里，全市航道总数达到190条，通航总里程达4337公里，成库后改善航道里程854.3公里，形成深水航道72条1079.65公里，长江干线涪陵李渡至大坝成为常年深水库区航道，3000吨级船舶畅行其间。大宁河、小江、乌江等支流航道变宽变深，船舶通行能力增大。库区实行定线制，船舶分边通行，航行秩序更加规范，大大降低了事故发生率。 
　　水路交通。到2012年基本建成长江上游航运中心，使四级及以上航道里程达1400公里，高等级航道比重达26%，长江干线航段可通行3000吨级船舶和万吨级船队。港口货物吞吐能力达1.4亿吨，集装箱达220万标箱，船舶运力达550万载重吨，主要水上运量指标在2006年基础上翻一番。到2020年，形成便捷、高效的内河航道体系、完善的支持保障系统、现代化的重点枢纽港区，形成以水运为载体，以腹地为支撑，充分依托铁路骨架、高速公路网和机场的强大辐射作用，通过各种运输方式之间的有机衔接，利用长江、嘉陵江、乌江“一干两支”国家高等级航道的巨大通行能力，以高密度的集装箱班轮产生的聚集效应和优越的航运、金融、贸易、信息、口岸等服务，带动临港经济发展，使重庆港形成对周边地区的产业聚集优势，将重庆建成长江上游辐射西部地区最大的集装箱集并港、大宗散货中转港、旅游客运集散中心、汽车滚装运输主通道、船舶生产基地和交易中心、航运信息中心和人才高地，全面建成长江上游航运中心。